出来ない。 理由はタイトルに書いた通り、springfox (現在最新 2.9.2) ではComponentScanを利用している。
なぜか
spring-context-indexerを有効にする際は、ComponentScanを利用しているjarが全て対応していないといけない。
じゃあどうするか。
indexerでindexすることは出来ないので ここで紹介されている とおり spring.propertiesに以下の記述を追加しましょう。
spring.index.ignore=true
まとめ
諦めた。
じゃあライブラリとしてはどうするべきか
AutoConfigurationを用意するのが正しいはず。